稿本玉光剑气集一向被学界所关注，特别是明清史学界的同仁，都希望读到这本书。已故著名明清史专家谢国桢先生，特别推重此书，并着录于其巨著增订晚明史籍考中。当年作者普拜访先生，提出想整理出版此书的想法，得到谢先生的热情鼓励。谢先生作古已多年，生前未能看到此书的出版，实为遗憾。
这次整理，作者做的工作有以下几项。
对全书进行标点、分段，调整卷次，新编目录。稿本中的卷次，经作者多次涂抹修改，但卷次仍不能衔接 。卷首王文焘撰原稿所编目次，也先后错杂，或重或缺。为清楚眉目，今按原稿的册次新编目录，一类一卷，求厘定为三十一卷。稿本前的王文焘所辑张怡的传记资料及其所录的稿本目次，编为“卷首”以资参考。整理工业最繁重的是抄录原文和辨识文字。原因稿经多次涂抹修改，加之文字又极为潦草，有极个别文字杂以辨识，只好以[ ]标出。

卷首
卷一 帝治
卷二 臣谟
卷三 法象
卷四 国是
卷五 敢谏
卷六 忠节
卷七 吏治
卷八 武功
卷九 识见
卷十 方正
卷十一 清介
卷十二 才能
卷十三 理学 附勤学
卷十四 孝友
卷十五 德量
卷十六 义士
卷十七 豪爽
卷十八 高人
卷十九 艺苑
卷二十 著述
卷二十一 幼慧
卷二十二 技术
卷二十三 诗话
卷二十四 嘉言
卷二十五 俳谐
卷二十六 玄释
卷二十七 列女
卷二十八 微异
卷二十九 类物
卷三十 杂记
卷三十一 惩诫