据研究者研究，《琵琶记》现存版本，有全本流传的约四十二种，选辑该剧折子或的选本计二十九种。此外还有明清各种南曲谱中引用的不同版本的《琵琶记》曲选及前从着录、今已不见的《琵琶记》版本。以上合计无虑百种。
对《琵琶记》不同版本可以有不同的分类方法。若按照版本或版本祖本产生年代早晚及其与《琵琶记》原著接近程度画分。众多《琵琶记》版本大致可以分为“古本”和“通行本”两大系列。所谓“古本”，主要是指产生年代较早且相对接近《琵琶记》原貌的罕见版本；所谓“通行本”，主要是指经后人改动较多的流行版本影印收入本书的五种，是目前学术界比较公认的传世的“古本”《琵琶记》。

册一
　前言
　新刊摘汇奇妙戏式全家锦囊伯皆
　揭阳出土钞本蔡伯皆
册二
　新刊巾箱蔡伯喈琵琶记
册三　
　凌刻臞仙本琵琶记
册四
　新刊元本蔡伯喈琵琶记
册五
　校录凡例
　新刊摘汇奇妙戏式全家锦囊伯皆（孙崇涛校录）
　揭阳出土钞本蔡伯皆（候百朋校录）
　新刊巾箱蔡伯喈琵琶记（徐宏图校录）
册六
　凌刻臞仙本琵琶记（胡雪冈校录）
　新刊元本蔡伯喈琵琶记（池浚校录）