经过200余年的研究和实践，人类发现并命名了原核生物的许多分类单元，其间又有许多分类单元经过整理、重新划分、合并和废弃，截至目前，已经发现的原核生物约有1200个属，8000余个种。
　　原核生物系统学涉及对原核生物的分离、描述、鉴定、分类、命名和菌种的保藏等内容，可以看作现代原核生物分类学，是原核生物学的重要基础学科。
　　鉴于现有的原核生物系统学著作篇幅大，且多为英文作品，如 “Bergy's Manual of Systematic Bacteriology”(伯杰氏系统细菌学手册)，笔者在广泛听取业内专家意见的基础上，结合国内的实际需要，邀请国内原核生物各领域科研一线的专家撰写了这本概括性较强的作品。
　　作为原核生物学的一本重要的工具书，本书可供微生物学、遗传学、分子生物学以及其他生命科学领域的师生查阅和参考。

第1章 原核生物系统学概论
　1.1 原核生物资源的多样性及重要性
　　1.1.1 代谢类型的多样性
　　1.1.2 生境的广泛性
　　1.1.3 生活方式的多样性
　　1.1.4 遗传多样性
　1.2 原核生物分类学和系统学的概念以及原核生物种的定义
　　1.2.1 原核牛物分类学和系统学
　　1.2.2 原核生物“种”的概念
　1.3 原核牛物分类简史
　1.4 原核生物系统学研究进展与成就
　　1.4.1 Woese的成就、古菌的发现及其分类学意义
　　1.4.2 “复制基冈树”和“蛋白质系统学”
　　1.4.3 “基因组系统学”(Phylogenomics)
　　1.4.4 以全基因组为基础的氨基酸组分矢量法在原核生物系统学中的应用
　1.5 原核生物系统学与其他学科的关系
　1.6 《伯杰氏系统细菌学手册》第2版简介
　参考文献
第2章 细菌命名法规及其在原核生物分类中的应用
　2.1 国际细菌命名法规
　　2.1.1 俗名和学名
　　2.1.2 早期生物命名简况
　　2.1.3 命名法规的性质和意义
　　2.1.4 细菌命名法规的缘起
　　2.1.5 国际细菌命名法规的内容简介
　　2.1.6 名称的优先权和发表
　　2.1.7 名称的引用
　　2.1.8 异物同名和同物异名
　　2.1.9 细菌名称及其有关信息的查询
　　2.1.10 汉译细菌名称
　　2.1.11 公认名称与非公认名称的使用
　2.2 与细菌分类和命名有关的闷际学术机构及其相关刊物
　2.3 《细菌名称的确认名录》
　2.4 细菌名称的合格化及其于续
　　2.4.1 新名称和(或)新组合被国际学术界所承认的一般要求
　　2.4.2 有效发表的合格化
　2.5 细菌名称的应用
　2.6 对不合法规的细菌命名的更名
　　2.6.1 细菌命名的原则
　　2.6.2 对细菌命名违规的处理示例
　2.7 原核生物分类中暂定名称的分类地位
　　2.7.1 原核生物暂定名称的概念
　　2.7.2 确立暂定名称的原核生物应注意的要点
　　2.7.3 暂定名称原核生物系统学示例
　2.8 国际生物命名法规的协调与统一
　　2.8.1 生物命名法规协调与统一的背景
　　2.8.2 生物命名统一法规(BioCode)的设想和活动
　　2.8.3 生物命名法规统一对细菌命名的影响
　参考文献
第3章 生物信息学在原核生物分类中的作用
第4章 菌种保藏在原核生物分类学研究中的作用
第5章 原核生物多相分类技术与应用
第6章 原核生物的分子生态学研究
第7章 古菌域
第8章 细菌域第Ⅰ至第Ⅸ门
第9章 细菌域第Ⅹ门——蓝细菌门
第10章 细菌域第Ⅺ门
第11章 细菌域变形杆菌门
第12章 低GC含量革兰阳性细菌
第13章 放线菌
第14章 细菌域第ⅩⅤ门至ⅩⅦ门
第15章 细菌域ⅩⅧ门至ⅩⅢ门
附录