《怀疑的化学家》全书共分六部分，外加“序言”和“结论”等，所展现的是波义耳对当时亚里士多德学派的元素理论或化学家们的要素学说的质疑与批判。尽管它在表述微粒哲学见解时，在“用理智来衡度真理”时，显得十分犹疑，但它的批判，基于实验的批判，却是至为清晰的、锐利的。它虽没有促使17世纪的化学家们从整体上接受微粒哲学的思维模式，但却使他们感到了震撼。

《怀疑的化学家》导读
对后一文的序文
自然哲学思考
首次对话的一部分
怀疑的化学家
第一部分
第二部分
第三部分
第四部分
第五部分
第六部分
结论