本书由明代著名中医温病学家吴有性编撰于明崇祯十五年（1642），2卷。吴有性生活于明代晚期，那时其家乡一带连年发生疫病流行，一巷百余家，无一家幸免，可见疫病危害之严重。吴有性此书的问世，在当时乃至对后世都产生了极大的影响，他的“戾气”病因等学说思想的提出，开创了中医温疫认识的新时代，最终在清代形成了一个中医学术流派——温病学派。《温疫论》大致是吴有性随笔记录而成，体现了吴有性对温疫的新认识，从病因病机、感邪途径、传变规律、辨证体系、治法方药，到诊断治疗中必须注意的问题等等，均详加论述。对当今温病理论的发展及温病的临床治疗都有很强的指导作用，是中医温病学发展史上具有划时代意义的标志性著作，是中医学理论原创思维与临证实用新法的杰出体现。
　　经整理者考证，现有的崇祯原本及清初本均属误订，故本次整理以清康熙间刊行的石楷（临初）金陵长庆堂本、张以增（容旃）葆真堂本作为双底本。其卷次结构以张本为主，吴氏原著文字内容原则上在双底本之间择善而从，并参照其他刻本重新点校。书前撰有导读，便于读者学习。

卷上
　原病
　温疫初起
　传变不常
　急证急攻
　表里分传
　热邪散漫
　内壅不汗
　下后脉浮
　下后脉复沉
　邪气复聚
　下后身反热
　下后脉反数
　因证数攻
　病愈结存
　下格
　注意逐邪勿拘结粪
　蓄血
　发黄
　邪在胸膈
　辨明伤寒时疫
　发癍战汗合论
　战汗
　自汗
　盗汗
　狂汗
　发癍
　数下亡阴
　解后宜养阴忌投参术
　用参宜忌有前利后害之不同
　下后间服缓剂
　下后反痞
　下后反呕
　夺液无汗
　补泻兼施
　药烦
　停药
　虚烦似狂
　神虚谵语
　夺气不语
　老少异治
　妄投破气药论
　妄投补剂论
　妄投寒凉药论
　大便
　小便
　前后虚实
　脉厥
　脉证不应
　体厥
　乘除
卷下
　杂气论
　论气盛衰
　论气所伤不同
　蛔厥
　呃逆
　似表非表，似里非里
　论食
　论饮
　损复
　标本
　行邪伏邪之别
　应下诸证
　应补诸证
　论阴证世间罕有
　论阳证似阴
　舍病治药
　舍病治弊
　论轻疫误治每成痼疾
　肢体浮肿
　服寒剂反热
　知
　四损不可正治
　劳复、食复、自复
　感冒兼疫
　疟疫兼证
　温疟
　疫痢兼证
　妇人时疫
　小儿时疫
　妊娠时疫
　主客交
　调理法
　统论疫有九传治法
　补遗温疫论正误
　正名
　“伤寒例”正误
　诸家温疫正误