全书分上、下两册，共52卷，收载药物1892种，附药图1100余幅，附药方11000余首，并以药物的自然属性和生态条件作为分类基础，分为十六纲、六十类。在每一药名之下，详细分为正名、释名、集解、正误、修治、气味、主治、发明、附方等诸项，并逐一介绍。全书分类细致，条文清楚，切合实用。
本书是在绝对忠实于金陵本《本草纲目》的基础之上，通过对金陵本《本草纲目》影印本的校注、勘误、标点、索引等古文献整理工作，并在必要时酌情参考其他刻本字句，尽力再现《本草纲目》原貌，以避免多种不同刻本之间以讹传讹、损《本草纲目》原义之弊端，确保我国中医药学术的精华内容不因某些因素而丧失或消亡。

上册
本草纲目序例第一卷
本草纲目序例第二卷
本草纲目主治第三卷
本草纲目主治第四卷
本草纲目水部第五卷
本草纲目火部第六卷
本草纲目土部第七卷
本草纲目金石部第八卷
本草纲目金石部第九卷
本草纲目金石部第十卷
本草纲目金石部第十一卷
本草纲目草部第十二卷
本草纲目草部第十三卷
本草纲目草部第十四卷
本草纲目草部第十五卷
本草纲目草部第十六卷
本草纲目草部第十七卷
本草纲目草部第十八卷
本草纲目草部第十九卷
本草纲目草部第二十卷
本草纲目草部第二十一卷
下册
本草纲目谷部第二十二卷
本草纲目谷部第二十三卷
本草纲目谷部第二十四卷
本草纲目谷部第二十五卷
本草纲目菜部第二十六卷
本草纲目菜部第二十七卷
本草纲目菜部第二十八卷
本草纲目果部第二十九卷
本草纲目果部第三十卷
本草纲目果部第三十一卷
本草纲目果部第三十二卷
本草纲目果部第三十三卷
本草纲目木部第三十四卷
本草纲目木部第三十五卷
本草纲目木部第三十六卷
本草纲目木部第三十七卷
本草纲目服器部第三十八卷
本草纲目虫部第三十九卷
本草纲目虫部第四十卷
本草纲目虫部第四十一卷
本草纲目虫部第四十二卷
本草纲目鳞部第四十三卷
本草纲目鳞部第四十四卷
本草纲目介部第四十五卷
本草纲目介部第四十六卷
本草纲目禽部第四十七卷
本草纲目禽部第四十八卷
本草纲目禽部第四十九卷
本草纲目兽部第五十卷
本草纲目兽部第五十一卷
本草纲目人部第五十二卷
索引

历代诸家本草
神农本草经[掌禹锡日]1日说本草经三卷，神农所作，而不经见，汉书·艺文志亦无录焉。汉平帝纪云：元始五年，举天下通知方术本草者，所在轺转[2]遣诣京师。楼护传称：护少诵医经本草方术数十万言。本草之名盖见于此。唐李世勋等以梁七录载神农本草三卷，推以为始。又疑所载郡县有后汉地名，似张机、华陀辈所为。皆不然也。按淮南子云：神农尝百草之滋味，一日而七十毒。由是医方兴焉。盖上世未著文字，师学相传，谓之本草。两汉以来，名医益众，张、华辈始因古学附以新说，通为编述，本草由是见于经录也。[寇宗爽日]汉书虽言本草，不能断自何代而作。世本、淮南子虽言神农尝百草以和药，亦无本草之名。惟帝王世纪云：黄帝使岐伯尝味草木，定本草经，造医方以疗众疾。乃知本草之名，自黄帝始。盖上古圣贤，具生知之智，故能辨天下品物之性味，合世人疾病之所宜。后世贤智之土，从而和之，又增其品焉。
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