第一册
　本草纲目
　重刻本草纲目序
　重刊本草纲目叙
　进本草目疏
　凡例
　本草纲目总目
　第一卷　序例上
　　序例上目录
　　历代诸家本草
　　引据古今医家书目
　　采集诸家本草药品总数
　　《神农本经》名例
　　陶隐居《名医别录》合药分剂法则
　　采药分六气岁物
　　七方
　　十剂
　　气味阴阳
　　五味宜忌
　　五味偏胜
　　标本阴阳　　
　　升降浮沉
　　四时用药例
　　五运六滛用药式
　　六腑六脏用药气味补泻
　　五脏五味补泻
　　脏腑虚实标本用药式
　　引经报使
　第二卷　序例下
　　序例下目录
　　药名同异
　　相须相使相畏相恶诸药
　　相反诸药
　　服药食忌
　　妊娠禁忌
　　饮食禁忌
　　李东垣随证用药凡例
　　陈藏器诸虚用药凡例
　　张子和汗吐下三法
　　病有八要六失六不治
　　《药对》岁物药品
　　《神农本草经》目录
　　宋本草旧目录
　第三卷　主治
　　主治目录
　　百病主治药上
　　诸风
　　痉风
　　项强
　　癫痫
　　卒厥
　　伤寒热病
　　瘟疫
　　暑
　　湿
　　火热
　　诸气
　　痰饮
　　脾胃
　　吞酸嘈杂
　　噎膈
　　反胃　　
　　呕吐
　　哕啘
　　呃逆
　　霍乱
　　泄泻
　　痢
　　疟
　　心下痞满
　　胀满　
　　诸肿
　　黄疸
　　脚气
　　痿
　　转筋
　　喘逆
　　咳嗽
　　肺痿肺痈
　　虚损
　　瘵疰
　　邪崇
　　寒热
　　吐血衄血
　　齿衄
　　血汗
　　咳嗽血
　　诸汗
　　怔忡
　　健忘
　　惊悸
　　狂惑　
　　烦躁
　　不眠
　　多眠
　　消渴
　　遗精梦泄
　　赤白浊
　　癃淋
　　瘦数遗尿
　　小便血
　　阴痿
　　强中
　　囊痒
　　大便燥结
　　脱肛
　　痔漏　　
　　下血
　　淤血
　　积聚症瘕
　　诸虫
　　肠鸣
　　心腹痛
　　胁痛
　　腰痛
　　疝*
　第四卷　主治
　　主治目录
　　百病主治药下
　　痛风
　　头痛
　　眩运
　　眼目
　　耳
　　面
　　鼻
　　唇
　　口舌
　　咽喉
　　音声
　　牙齿
　　须发
　　胡臭
　　丹毒
　　风瘙疹痱
　　疬疡癜风
　　瘿瘤疣痣
　　瘰疬
　　痈疽
　　诸疮上
　　诸疮下
　　外伤诸疮
　　金、镞、竹、木伤
　　跌仆折伤
　　五绝
　　诸虫伤
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　第六卷　火部
　第七卷　土部
　第八卷　金石部
　第九卷　石部
　第十卷　石部
　第十一卷　石部
第二册
第三册
第四册

　　第一卷　序例上
　　历代诸家本草
　　《神农本草经》掌禹锡曰：旧说《本草经》三卷，神农所作，而不经见，《汉书·艺文志》亦无录焉。《汉平帝纪》云：元始五年，举天下通知方术本草者，所在轺传遣诣京师。《楼护传》称：护少诵医经本草方术数十万言，本草之名盖见于此。唐李世勣等以梁《七录》载《神农本草》三卷，推以为始。……
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