《药盦医案全集》八卷，成书于1928年，系恽氏生平临证之验案辑录，由门人顾雨时、李鸿庆、仲添澜编集，章巨膺增选。于1936年辑入《药盦医学从书》。卷一伤寒门；卷二温病门；卷三风病门，分神经病、肝胃病二类；卷四杂病门，分水肿、臌胀、噎膈、喘咳、黄瘅、泄泻、疝气、失眠、消渴、湿热十类；卷五虚损门，分肺病、咳嗽、吐血、遗精、瘰疬、肾病六类；卷六时病门，分疟疾、痢疾、喉疾、麻疹、霍乱、脑炎、肝阳七类；卷七妇科门，分经带、胎前、产后，癥瘕、杂病五类；卷八小儿门，分惊风、天痘、痧疹、咳嗽、食积、泄泻、杂病七类。是书多连续记载危重疾病诊治经过，凡成功与失败案例均详细记述，可资临床借鉴；对于制方用药。亦具卓识，认为病浅者不以悍药创其正，病重者竟以猛剂去其毒。对临床颇有指导。现存1936年上海章巨膺医寓铅印本。

丁序
谢序
章序
恽先生传
旧著鳞爪
卷一 伤寒门
卷二 温病门
卷三 杂病门
杂病门 风病类
杂病门 神经病类
杂病门 肝胃病类
卷四 杂病门
杂病门 水肿类
杂病门 臌胀类
杂病门 噎膈类
杂病门 喘咳类
杂病门 黄瘅类
杂病门 泄泻类
杂病门疝气类
杂病门失眠类
杂病门消渴类
杂病门湿热类
卷五 虚损门
虚损门 肺病类
虚损门 咳嗽类
虚损门 吐血类
虚损门 遗精类
虚损门 瘰疬类
虚损门 肾病类
卷六 时病门
时病门 疟疾类
时病门 痢疾类
时病门 喉疾类
时病门 麻疹类
时病门 霍乱类
时病门 脑炎类
时病门 肝阳类
卷七 妇女门
妇女门 经带类
妇女门 胎前类
妇女门 产后类
妇女门 瘕类
妇女门 杂病类
卷八 小儿门
小儿门 惊风类
小儿门 天痘类
小儿门 痧疹类
小儿门 咳嗽类
小儿门 食积类
小儿门 泄泻类
小儿门 杂病类