《恽铁樵医书四种》由《保赤新书》、《温病明理》、《生理新语》和《脉学发微》四书组成。《保赤新书》八卷。卷一载有小儿难育之故与胎教、卷二述天花症状、发病周期以及种痘、鼻苗、牛痘等，卷三至卷四列痧疹、痧子病症，痧疹用药以及痧子最要药、次要药、不可用药，卷五至卷八发明惊风原理。对痘症治疗主张初期宣肺疏表，中期解肌透疹，后期养阴清化。提出麻疹顺逆辨别及治疗。《温病明理》提出寒温不同，阐述温病的概念、对三焦的认识等，其中有中西医汇通的观点，对清代温病学派多有批评。
《生理新语》以《内经》为基准，以西医生理学为蓝本，结合临床治病经验，阐述中西医学概况、细胞学说、神经学说、腺体学说等，力图阐述中西医结合的新生理学。《脉学发微》四卷，主要阐述作者对脉学的认识。卷一为导言、色泽、呼吸，卷二介绍脉学概论及原理，卷三重点阐释促、结、代脉，卷四释浮、沈、迟、数诸脉。

《保赤新书》
章序
《保赤新书》卷一
小孩难育之故
　　胎教
　　七情方面当戒的
　　饮食方面当戒的
　《保赤新书》卷二
　　种痘
　　天花病状
　　鼻苗
　　牛痘
　《保赤新书》卷三
　　痧疹
　　痧子病状与初起三大时期
　　最初三逆证
　　三逆证治法
　《保赤新书》卷四
　　痧疹之用药
　　痧子最要药及次要药
　　痧子不可用之药及其理由
　　痧痘之原理
　《保赤新书》卷五
　　惊风
　　发明惊风原理上及钱氏喻氏各家学说
　《保赤新书》卷六
　　沈氏惊风说
　　发明惊风原理下及沈氏学说
　《保赤新书》卷七
　　惊风成方甲并说
　　惊风成方甲级
　《保赤新书》卷八
　　惊风成方乙并说
　《温病明理》
　　徐序
　《温病明理》卷一
　《温病明理》卷二
　《温病明理》卷三
　　论叶天士《临证指南·伤寒门》方
　　论《临证指南·温热门》席姓七案
　　合论顾景文《温证论治》、吴鞠通《温病条辨》
　　再论“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”十二字
　　再论“胃病有神昏，肺病无神昏”之理
　《温病明理》卷四
　《温病明理》卷五
　《生理新语》
　　徐序
　《生理新语》卷一
　　一、我辈现在讲医学之地位
　　二、今后中医须改良之途径
　　三、西国医学之概况上篇
　　四、细胞学说之大略
　《生理新语》卷二
　　一、西医之概况
　　二、《内经》与西医二千年进化之比较
　《生理新语》卷三
　　一、失血后体工之变化
　　二、释神经救济功能
　《生理新语》卷四
　　一、说腺
　　二、两种形能
　《脉学发微》
　　孙序
　《脉学发微》卷一
　　导言
　　先要讲脉外极显明的事情
　　色泽
　　呼吸
　　规矩权衡
　《脉学发微》卷二
　　脉之概论
　　脉之原理
　　基本观念
　　释十字脉象
　《脉学发微》卷三
　　释促结代
　　著者自己之脉
　　吴福茨中丞之脉
　　家九先生疟疾之脉
　　舍亲潘奶奶之脉
　　贞吉里家四小姐痢疾之脉
　　陶希泉姻丈之脉
　《脉学发微》卷四
　　释浮沉迟数
　《脉学发微》卷五
　　奇经八脉