本书包括了四方面的内容：中国古代疫病流行年表；疫病流行与中医瘟疫理论创新的研究；中国古代疫病流行年表的资料长编；疫病流行年表古地名备考。而年表中的地方志资料引用日本人井村哮全《地方志所载之中国疫疠考》之第一篇《疫疠年表》，此文原文刊登在1936年日本的《中外医事新报》1233号上，目前已不易查找。为了方便读者的使用，本书以附件的方式将此文与本书相关部分的中文节译附在书后。

绪论
一、疫病的含义及范围
二、疫病流行资料调查方法
三、疫病流行年表标注方法
四、年表相关统计与分析方法
五、年表相关问题说明
六、原始资料的提供方式
七、关于古地名备考的说明
第一章 中国古代疫病流行年表
第二章 疫病流行与中医瘟疫理论创新的研究
第一节 影响古代疫病流行的主要因素
一、社会政治因素
二、地理环境因素
三、中外流通因素
四、其他因素
第二节 古代疫病流行的综合讨论与启示
一、各主要因素问的相互关系及权重
二、古代疫病流行给予今天的启示
第三节 关于古代中医瘟疫理论创新发展的分析与思考
一、中医在防治瘟疫方面起到重要作用
二、疫病流行与中医瘟疫理论创新的相关性研究
三、中医瘟疫理论的辨病与辨证
四、中医瘟疫理论的特色
五、20世纪50年代中医治疗流行性乙型脑炎的经验思考
六、2003年中医治疗SARS的经验思考
七、中医瘟疫理论的创新发展的规律探讨
八、中医瘟疫研究面临的新挑战与新机遇
第三章 中国古代疫病流行年表资料长编
第一节 先秦及秦汉魏晋南北朝
第二节 隋唐五代
第三节 宋金元
第四节 明
第五节 清
第四章 中国古代疫病流行年表古地名备考
附 中国古代疫病流行年表古地名字头索引
附录
地方志所载之中国疫疠略考(节译)