本教材分为细菌学、真菌学和病毒学3篇，共27章。每章末附有思考题和参考文献，在第1版教材的基础上增编了朊粒等相关内容。

绪论
第一节 微生物的概念
一、微生物的种类和分类
二、微生物与人类的关系
第二节 医学微生物学及发展简史
一、医学微生物学
二、医学微生物学发展简史及展望
第一篇 细菌学
第1章 细菌的形态与结构
第一节 细菌的大小和形态
第二节 细菌的结构
第三节 细菌形态的检查法
第2章 细菌的生长系列及代谢
第一节 细菌的生长繁殖
第二节 细菌的代谢及代谢产物
第三节 细菌的人工培养
第四节 细菌的分类及命名
第3章 消毒与灭菌
第一节 物理消毒灭菌
第二节 化学消毒法
第4章 细菌的遗传与变异
第一节 细菌的变异现象
第二节 细菌变异的物质基础
第三节 细菌变异的机制
第四节 细菌变异的实际意义
第5章 细菌的感染和免疫
第一节 正常菌群与条件致病菌
第二节 细菌的致病机制
第三节 感染的发生、发展与结局
第四节 机体的抗菌免疫
第6章 细菌感染的检查方法与防治原则
第7章 球菌
第8章 肠道杆菌
第9章 弧菌属
第10章 厌氧性细菌
第11章 棒状杆菌属
第12章 分枝杆菌属
第13章 放线菌属与诺卡菌属
第14章 动物源性细菌
第15章 其他致病菌
第16章 支原体、立克次体和衣原体
第17章 螺旋体
第二篇 真菌学
第18章 真菌
第三篇 病毒学
第19章 病毒的基本性状
第20章 病毒的感染与免疫
第21章 病毒感染的检查方法与防治原则
第22章 呼吸道病毒
第23章 肠道病毒
第24章 肝炎病毒
第25章 虫媒病毒
第26章 疱疹病毒
第27章 其他病毒及朊粒