本书为全国古籍整理出版规划项目之一。20世纪以来，吐鲁番出土文书流散到世界各地，邻国日本是收藏最丰的国家。本书作者经过十余年的艰苦努力，对流散到日本的吐鲁番出土文书进行了搜集和整理，并拟题编目。全书对于日本一些收藏颇丰、已有过全面拟题的编目，在充分尊重日本学者成果的基础上加以登录和补充，对于一些没有编目的馆藏，则依据每件图版做了新的订题编目。

总前言
日本收藏卷前言
凡例
京都龙谷大学大宫图书馆藏大谷文书
京都龙谷大学藏橘瑞超文书
《流沙残阙》所收吐鲁番文书
《西域考古图谱》所刊、未入大谷藏吐鲁番文书
京都国立博物馆藏吐鲁番文书
京都大学文学部藏吐鲁番文书
京都大学文学部羽田纪念馆藏吐鲁番文书照片
京都大学文学部藏题“中村不折氏旧藏”回鹘文文书照片
京都桥本关雪纪念馆藏吐鲁番文书
京都大学日比野丈夫新获见藏吐鲁番文书
东京国立博物馆藏吐鲁番文书
东京书道博物馆藏吐鲁番文书
东京静嘉堂文库藏吐鲁番文书
奈良宁乐美术馆藏吐鲁番文书
奈良天理大学图书馆藏吐鲁番文书
大阪四天王寺出口常顺藏吐鲁番文书
静冈县矶部武男藏吐鲁番文书
上野淳一藏吐鲁番文书
三井八郞右卫门藏吐鲁番文书
日本散见吐鲁番文书
附录：京都藤井有鄰馆藏文书
吐鲁番文书研究参考论著目录